高效液相色谱系统主要有进样系统、数据处理系统、输液系统、检测系统和分离系统。
1、进样系统：一般采用隔膜注射进样器或高压进样间完成进样操作，进样量是恒定的。这对提高分析样品的重复性是有益的。
2、数据处理系统：该系统可对测试数据进行采集、贮存、显示、打印和处理等操作，使样品的分离、制备或鉴定工作能正确开展。
3、
高效液相色谱系统中输液系统：该系统包括高压泵、流动相贮存器和梯度仪三部分。高压泵的一般压强为l．47～4．4x107pa，流速可调且稳定，当高压流动相通过层析柱时，可降低样品在柱中的扩散效应，可加快其在柱中的移动速度，这对提高分辨率、回收样品、保持样品的生物活性等都是有利的。流动相贮存错和梯度仪，可使流动相随固定相和样品的性质而改变，包括改变洗脱液的极性、离子强度、ph值，或改用竞争性抑制剂或变性剂等。这就可使各种物质都能获得有效分离。
4、检测系统：高效液相色谱常用的检测器有紫外检测器、示差折光检测器和荧光检测器三种。
a、紫外检测器 该检测器适用于对紫外光（或可见光）有吸收性能样品的检测。其特点：使用面广；灵敏度高；线性范围宽；对温度和流速变化不敏感；可检测梯度溶液洗脱的样品。
b、示差折光检测器 凡具有与流动相折光率不同的样品组分，均可使用示差折光检测器检测。目前，糖类化合物的检测大多使用此检测系统。这一系统通用性强、操作简单，但灵敏度低（检测下限为10-7g／ml），流动相的变化会引起折光率的变化，因此，它既不适用于痕量分析，也不适用于梯度洗脱样品的检测。
c、荧光检测器 凡具有荧光的物质，在一定条件下，其发射光的荧光强度与物质的浓度成正比。因此，这一检测器只适用于具有荧光的有机化合物的测定，其灵敏度很高，痕量分析和梯度洗脱作品的检测均可采用。
5、分离系统：该系统包括色谱柱、连接管和恒温器等。色谱柱一般长度为10～50cm，内径为2～5mm，由不锈钢或厚壁玻璃管或钛合金等材料制成，住内装有直径为5～10μm粒度的固定相。固定相中的基质是由机械强度高的树脂或硅胶构成，它们都有惰性、多孔性和比表面积大的特点，加之其表面经过机械涂渍，或者用化学法偶联各种基因或配体的有机化合物。因此，这类固定相对结构不同的物质有良好的选择性。例如，在多孔性硅胶表面偶联豌豆凝集素（psa）后，就可以把成纤维细胞中的一种糖蛋白分离出来。
另外，固定相基质粒小，柱床极易达到均匀、致密状态，极易降低涡流扩散效应。基质粒度小，微孔浅，样品在微孔区内传质短。这些对缩小谱带宽度、提高分辨率是有益的。根据柱效理论分析，基质粒度小，塔板理论数n就越大。这也进一步证明基质粒度小，会提高分辨率的道理。 再者，高效液相色谱的恒温器可使温度从室温调到60c，通过改善传质速度，缩短分析时间，就可增加层析柱的效率。
