制备液相色谱仪是指采用色谱技术制备纯物质，即分离、收集一种或多种色谱纯物质。制备色谱中的"制备"这一概念指获得足够量的单一化合物，以满足研究和其它用途。制备色谱的出现，使色谱技术与经济利益建立了。制备量大小和成本高低是制备色谱的两个重要指标。其中，气相制备色谱主要用于石油化工产品和挥发性天然产物的色谱纯样品制备。
1、分离模式的选择（在样品可能分离的条件下使用分析色谱柱进行测试）如果样品有多种可分离的模式，请在选择上考虑以下几点：
a、分离的效率：分离能力、样品上样量、制备时间；
b、经济性：填料、流动相的成本、单位时间的处理量；
c、其他：安全性、目标成分的变性、系统的简易性。
2、制备规模的选择：根据样品的处理量选择制备柱的内径以及填料的粒径。表1列举了选择制备柱内径和填料粒径的基本标准。
选择制备柱内径和填料粒径的基本标准：
1、制备柱内径：样品的上样量与制备柱的横截面积是成正比的，所以必须要选择适合样品上样量的制备柱内径。
2、填料的粒径：填料的粒径越小制备柱的柱效越高，同时填料的价格也越高。另外由于柱压也会变高，因此对所使用设备的耐压性要求也会相应的提高。
在目标成分与相近的峰分离不充分等情况下，可选择使用粒径小的填料来提高分离效果。反之，粒径越大制备柱的柱效就越低，当然填料的价格也更便宜，柱压也会随之降低。
3、制备柱的长度：柱长越长分离能力就越高，样品的上样量也会增加。但由于柱长和柱压成正比，因此柱子越长柱压也就越高。
